Christopher Wheeldon a été formé à la Royal Ballet School de Londres puis a rejoint le Royal Ballet en 1991. En 1993, il rejoint le New York City Ballet où il est promu soliste en 1998. Il a été le premier chorégraphe à être nommé chorégraphe résident du NYCB en juillet 2001. Depuis lors, Christopher Wheeldon a créé et mis en scène des productions pour la plupart des grandes compagnies de ballet du monde. Il a désormais la double nationalité américaine et britannique et réside à New York.

Il est associé artistique du Royal Ballet, où il a notamment créé Alice au pays des merveilles et Conte d’hiver, en coproduction avec le Ballet national du Canada. En 2012, son ballet Cendrillon a été créé au Het Nationale Ballet. Il a également créé des chorégraphies pour le Metropolitan Opera, le film Center Stage (2000), la comédie-musicale Sweet Smell of Success à Broadway (2002) et la cérémonie de clôture des Jeux olympiques de Londres en 2012. Il a été le directeur artistique de l'exposition Fashion Forward au Musée des Arts Décoratifs de Paris, en 2016.

Parmi les autres faits marquants de sa carrière, citons les versions remaniées de Casse-Noisette pour le Joffrey Ballet et de Cendrillon pour l'English National Ballet, Corybantic Games au Royal Ballet et Like Water for Chocolate pour le Royal Ballet et l'American Ballet. Oscar© est son dernier ballet intégral pour l'Australian Ballet en 2024.

En 2014, Christopher Wheeldon a mis en scène et chorégraphié la comédie musicale Un Américain à Paris, présentée à Paris, New York, Hambourg, Sydney et Londres. Plus récemment, il a mis en scène et chorégraphié MJ The Musical en 2022. Chacune de ces pièces a remporté quatre Tony Awards, dont deux pour la meilleure chorégraphie.

Parmi ses nombreuses autres récompenses, citons deux nominations au Tony Award du meilleur metteur en scène, un Outer Critics Award de la meilleure chorégraphie et de la meilleure mise en scène, le Martin E. Segal Award du Lincoln Center, la American Choregraphy Award, le prix du Dance Magazine, le prix Léonide Massine, le Benois de la Danse et la Olivier Awards pour ses ballets Aeternum et Polyphonia.

Christopher Wheeldon a été nommé officier de l'Ordre de l'Empire britannique (OBE) et est membre honoraire de l'Académie américaine des arts et des sciences.